Junior mempersiapkan untuk memenuhi 3 Digimon nya: Bearmon, Guilmon, dan Patamon (dari kiri ke kanan). Digimon World 3 lingkungan adalah fiksi ilmiah bertema dan dilihat dari perspektif isometrik.
Junior, dan teman-temannya Ivy dan Teddy, log-in untuk "Digimon Online", di mana Ivy mengganti nama dirinya sendiri "Kail". Segera setelah tiba Junior, pemain terjebak dalam permainan dengan kesalahan dalam sistem. MAGAMI itu "Game Master" publik meyakinkan para pemain bahwa situasi terkendali, dan menyalahkan insiden itu pada Mouse, hacker Lucky. Junior hasil dengan petualangan sebagai normal dan perjalanan ke AoA dikendalikan Sektor Barat, dan setelah mengalahkan pemimpin yang sejati, perjalanan ke basis rahasia Mouse Beruntung, yang menyatakan dirinya sudah lama hilang saudara Kail dan agen bekerja melawan AoA, Kurt, yang mengungkapkan bahwa MAGAMI adalah sebuah front untuk AoA , tetapi segera AoA tiba dan mengancam untuk mengubah Kail menjadi Oinkmon, jika Kurt tidak memberikan Vemmon Digi-Telur ke AoA Hal ini menyebabkan Kurt diubah menjadi Oinkmon dan Vemmon Digi-Telur dicuri. Junior memimpin serangan terhadap Admin Center, yang menghasilkan Game Master dikalahkan dan diinterogasi. SMP menggunakan istirahat jaringan untuk transportasi sendiri ke Server Amaterasu, di mana ia mengalahkan dua dari kepala AoA dan belajar lebih banyak tentang rencana mereka. Dia kembali ke Asuka, mengalahkan pemimpin keempat, dan menggunakan sistem darurat teleport untuk mencapai MAGASTA, tetapi tidak mampu untuk mencegah Juggernaut dari yang dibebaskan. Juggernaut ini kemudian digunakan oleh Vemmon untuk digivolve untuk Destromon.
Junior kembali ke Server Amaterasu untuk mengalahkan dua kepala akhir, dan memperoleh akses ke Amaterasu City. Dia memimpin serangan segar di Admin Center Amaterasu, yang mengarah ke Presiden MAGAMI dikalahkan. SMP kemudian menggunakan komputer pusat untuk menghancurkan Destromon, sebelum kembali ke Asuka untuk meminta Airdramon untuk membantunya dalam mengangkat virus yang mempengaruhi sebagian besar pemain dengan mengubah mereka menjadi Oinkmon. Sebelum lama, kembali virus Oinkmon dan pemogokan sebagian besar pemain, dengan hanya Junior dan Kail bertahan tersentuh. Vemmon telah menggunakan sinar mengandung virus Oinkmon dan menembak balok melalui semua server. SMP kemudian pergi ke pusat admin, dan di Ruang Guru, Junior ditantang oleh entitas menyebut dirinya Tuhan Megadeath. Junior kemudian perjalanan ke sebuah satelit militer, Gunslinger, untuk menantang Tuhan Megadeath. Setelah dekat dengan ruang kontrol, Armaggeddemon SMP pertempuran, dan kekalahan itu. Dia kemudian mencapai ruang kontrol, dan pertempuran Tuhan Megadeath. Tuhan Megadeath dikalahkan, namun berhasil proyeknya menciptakan Snatchmon, dengan menggabungkan tiga Vemmon. Snatchmon menyerap Tuhan Megadeath, tantangan player, dan menyatu dengan Gunslinger untuk menjadi Galacticmon. Junior mengalahkan dia, dan Galacticmon jatuh ke Bumi, pembakaran menjadi hujan meteor di atmosfer.
Tiga bulan kemudian, kembali Junior untuk Server Amaterasu, di mana, seperti yang terungkap dalam PAL dan versi Jepang permainan, empat Pemimpin Server baru telah didirikan dan Kurt adalah Juara Dunia baru.